Silikongummipolymermolekyler är kedjliknande strukturer som bildas av Si-O (kisel-syre) bindningar, och deras huvudkomponent är hög molmassa linjär polysiloxan. Eftersom Si-O-Si-bindningen är dess grundläggande bindningstyp, är kiselatomer huvudsakligen anslutna till metylgrupper, och en mycket liten mängd omättade grupper introduceras på sidokedjorna.
De intermolekylära krafterna är små och molekylerna har en spiralformad struktur. Metylgrupper är arrangerade utåt och kan rotera fritt, vilket gör att silikongummi har bättre värmebeständighet, elektrisk isolering, kemisk stabilitet etc. än andra vanliga gummi.
Typiskt silikongummi, nämligen polydiformaldehyd siloxan, har en spiralformad molekylkonfiguration med relativt små intermolekylära krafter och har därmed utmärkt motståndskraft. Samtidigt kan formaldehydgrupper som pekar utanför spiralen rotera fritt, vilket ger silikongummi med unika ytegenskaper såsom hydrofobicitet och ytan av non-stickiness